Il progetto proposto da A.B.C. all'Associazione Fiorenzo Fratini onlus di Firenze riguarda la ricerca scientifica e prevede un nuovo studio di correlazione genotipo-fenotipo su pazienti affetti dalla rara sindrome genetica chiamata "Cri du chat" (CDC) attraverso il sequenziamento dell’esoma (WES, Whole Exome Sequencing). Per ottenere informazioni iniziali attendibili dovrebbero essere testati almeno 5/6 pazienti. Questo consentirà di stabilire in maniera più esatta la situazione genomica e di conseguenza porterà ad una diagnosi e ad una prognosi più accurate con una migliore previsione sulla crescita e sullo lo sviluppo dei piccoli pazienti con CDC.

Questa ricerca viene portata avanti grazie alla collaborazione con il Laboratorio di Genetica Umana dell'Ospedale Galliera di Genova;

Breve introduzione al progetto

La delezione di un cromosoma comporta lo spegnimento funzionale dei geni (alleli) contenuti nel tratto di DNA deleto. Molti geni funzionano bene pur essendo in singola copia mentre molti hanno bisogno di avere due copie funzionanti. Il tratto perso sul 5p ci dice che alcuni di questi geni devono essere in doppio per poter funzionare bene.
Cosa fa ognuno di questi geni? E come interagisce con gli altri? Le dimensioni della delezione e i vari pezzettini deleti correlano con tratti di sviluppo somatico, anatomico e di funzionamento del sistema nervoso centrale. In realtà, però, abbiamo delle differenze cliniche anche molto ampie pur trovandoci davanti alla stessa delezione.
E’ possibile che anomalie in geni, anche non contenuti all’interno della regione deleta, ma nel resto del genoma, possano essere responsabili delle variazioni nel fenotipo.
Il progetto WES permetterà di capire meglio il ruolo di tali geni e di dare una spiegazione del fenotipo clinico che osserviamo rispetto a quello atteso, studiando la parte del genoma che è deputata alla produzione di RNA e quindi di proteine (esoma) di pazienti con la stessa delezione ma con variabilità clinica. Questa tecnica pur non sequenziando tutto il DNA, ma solo l’esoma, da informazioni estremamente utili perché permette di rilevare il 90% circa delle informazioni ‘importanti’ che possono influire sul fenotipo.
Pertanto questo progetto costituisce un primo ma fondamentale passo in questa nuova direzione, per la ricerca sulla Sindrome del Cri du chat.

Qui di seguito una breve e sintetica presentazione video effettuata dal Dr. Andrea Guala nel novembre del 2016:

Vai alla presentazione video del progetto Fiorenzo Fratini per i Bambini Cri du chat

Spiegazione scientifica

Test genetico: “sequenziamento dell’esoma”

Introduzione
Il sequenziamento dell’esoma è una nuova modalità di “test genetico”. Nella seguente informativa vengono spiegati in dettaglio i seguenti punti relativi a tale metodica:
- Cosa sono i cromosomi e i geni
- Perché viene eseguito il sequenziamento dell’esoma
- Quali geni vengono analizzati
- Quali sono i possibili risultati derivanti dal sequenziamento dell’esoma
- L’impatto del progresso delle conoscenze scientifiche sull’interpretazione dei risultati del sequenziamento dell’esoma
- Che cosa è necessario per eseguire il sequenziamento dell’esoma
- Utilizzo dei risultati del sequenziamento dell’esoma a scopo di ricerca
- Contatti per maggiori informazioni

Cosa sono i cromosomi e i geni

Il nostro materiale genetico è costituito da circa 20.000 geni, impacchettati all’interno di ogni nostra cellula in strutture chiamate cromosomi. Queste informazioni genetiche determinano le nostre caratteristiche e lo sviluppo di tutti i nostri organi, come il cervello, il cuore, i reni. Le cellule del corpo normalmente contengono 46 cromosomi, raggruppati in 23 coppie. Ognuna di queste coppie è ereditata per metà dalla madre e per metà dal padre. Le prime 22 coppie di cromosomi sono analoghe nell’uomo e nella donna. La 23ma coppia è denominata coppia dei cromosomi sessuali che sono rappresentati da due cromosomi X nella donna e da un cromosoma X ed un cromosoma Y nell’uomo.
Ogni gene ha una specifica funzione, sebbene al momento attuale non sia nota la funzione di tutti i geni. Una malattia genetica può insorgere se uno o più dei nostri geni non funziona correttamente. Può essere importante identificare un’alterazione genetica, generalmente chiamata “mutazione”, alla base di una determinata patologia, sia per chiarire i rischi di ricorrenza nella famiglia sia per aumentare le conoscenze relative alle patologie genetiche. Un’alterazione genetica può avvenire per la prima volta in una persona (essere cioè di “nuova insorgenza”, nuova mutazione), oppure può essere ereditata da uno o da entrambi i genitori.
In passato, poteva essere analizzato solo un gene alla volta, pertanto l’analisi di una patologia genetica che non fosse chiaramente causata da un gene specifico poteva richiedere anni di studio. Adesso è possibile, grazie a nuove tecniche di analisi, effettuare la sequenza di tutti i circa 20.000 geni noti in un singolo esperimento (“sequenziamento dell’esoma”). Tutto ciò si traduce in una notevole diminuzione dei tempi di diagnosi delle malattie genetiche.

Perché viene eseguito il sequenziamento dell’esoma

Nella Sua famiglia è presente una patologia di origine genetica, e oggi le tecniche d’indagine comunemente utilizzate possono permettere di identificare una specifica anomalia genetica causativa con costi ridotti grazie all’utilizzo delle nuove tecnologie di analisi del DNA (“sequenziamento dell’esoma”).
Lo scopo di questo studio è l’identificazione della causa molecolare della patologia di cui soffre uno dei Suoi familiari, attraverso il sequenziamento dell’esoma.

Quali geni vengono analizzati

Saranno analizzati solo i geni noti per essere associati a specifiche condizioni genetiche che presentano manifestazioni cliniche simili a quelle presenti nella sua famiglia. Nella refertazione saranno indicati i geni che verranno analizzati.
Successivamente, nel caso in cui non venga individuata alcuna alterazione, saranno testati tutti i rimanenti geni. Non è pertanto possibile definire a priori se e quando l’analisi permetterà di individuare il difetto genetico specifico responsabile della condizione. Tali implicazioni verranno ampiamente discusse con lei ed eventuali suoi familiari al fine di una scelta consapevole prima di procedere con l’analisi.

Quali sono i possibili risultati derivanti dal sequenziamento dell’esoma

Il sequenziamento dell’intero “esoma” produce un’enorme quantità di dati, che possono presentare problemi di interpretazione e di gestione. Si consiglia quindi di eseguire una visita specifica, anche dopo l’analisi, con un genetista medico.
In generale è utile confermare sempre la mutazione identificata tramite metodica NGS con sequenziamento Sanger e stabilirne la segregazione nella famiglia quando sia disponibile.

In particolare l’analisi potrà avere questi possibili esiti:

1. Vengono identificate una o più alterazioni genetiche, interpretate come possibili cause della patologia presente nella Sua famiglia. I Genetisti Clinici che seguono il suo caso saranno disponibili per discutere approfonditamente con Lei e i Suoi familiari le implicazioni del risultato.

3. Nel caso in cui non venga identificata alcuna alterazione genetica che possa spiegare la problematica oggetto della presente indagine, i risultati delle indagini potranno essere rielaborati in futuro alla luce di nuove informazioni riguardanti la patologia in esame ed i geni in questa implicati. Anche in questo caso, sarà informato qualora emergessero novità rilevanti.

Parallelamente a questi possibili esiti, potrebbe rimanere una certa probabilità di un “risultato inatteso”, cioè che vengano casualmente identificate delle alterazioni genetiche non immediatamente associabili alla patologia in esame. Le implicazioni di questi risultati verranno ampiamente discussi con il genetista clinico che la seguirà.
Al momento della compilazione del consenso informato, Le sarà richiesto pertanto di decidere se vorrà essere informato o meno su eventuali risultati inattesi.

Se lo richiederà, l’eventuale riscontro incidentale di alterazioni genetiche potenzialmente rilevanti per la salute Le verrà comunicato nell’ambito di una Consulenza Genetica dove avrà ampia possibilità di porre domande specifiche sulle implicazioni dei risultati ottenuti.

Per quanto riguarda l’analisi dell’esoma su minori, i risultati inattesi NON verranno comunicati, fatto salvo per quelle rarissime condizioni la cui conoscenza può portare ad interventi efficaci nel prevenire l’insorgenza/evoluzione di patologie.

L’impatto del progredire delle conoscenze scientifiche sull’interpretazione dei risultati del sequenziamento dell’esoma

Dobbiamo sottolineare che le conoscenze relative al genoma (ovvero l’intero patrimonio genetico) umano ed alla funzione dei geni in relazione alle patologie sta aumentando rapidamente. Dunque, se il sequenziamento dell’esoma non darà un risultato inequivocabile alla prima analisi, le varianti genetiche identificate potranno essere reinterpretate in futuro alla luce di nuove conoscenze, ed una o più alterazioni potranno essere definite come causa della problematica in esame in un secondo tempo. In questo caso, sarà contattato per gli opportuni aggiornamenti; d’altra parte, Lei stesso è invitato a contattarci a distanza di tempo (2-3 anni), se il primo risultato dell’analisi proposta non sarà definitivo.
D’altro canto il test che Le viene proposto non esplora tutto il patrimonio genetico, ma solo una parte di questo, benché sia la più importante dal punto di vista delle implicazioni per la sua malattia. E’ comunque possibile che il quadro clinico presente nella Sua famiglia sia dovuto a mutazioni in parti del genoma che non sono esplorate con l’analisi esomica effettuata, oppure che la mutazione non sia adeguatamente coperta dall’analisi eseguita e pertanto non rilevata.

Cosa è necessario per eseguire il sequenziamento dell’esoma

La partecipazione a questa indagine è su base del tutto volontaria e, qualora decidesse di non volersi sottoporre all’indagine di approfondimento che Le proponiamo, non dovrà fornire alcuna spiegazione e non sarà in alcun modo compromessa la Sua futura assistenza medica.

Nel caso in cui decidesse di eseguire il test, dovrà pertanto fornire il Suo consenso informato all’indagine di sequenziamento dell’esoma che Le viene proposta, mantenendo il diritto di revocarlo in qualsiasi momento. Sarà necessaria l’esecuzione di un prelievo ematico (5-10 ml) - e/o di altro tessuto in situazioni particolari - per l’estrazione del DNA. Talvolta è possibile che il campione venga processato presso un Laboratorio esterno, ma in questo caso il campione verrà codificato, nessuno potrà risalire al suo nominativo ma solo i responsabili dell’analisi potranno associare il risultato alla Sua persona. Se Lei acconsente, il DNA non utilizzato verrà conservato.

Utilizzo dei risultati del sequenziamento dell’esoma a scopo di ricerca

Le informazioni ottenute dal sequenziamento esomico hanno un rilievo scientifico oltre che diagnostico e potranno condurre ad una migliore comprensione delle cause delle malattie genetiche. Tali dati saranno conservati in forma anonima, e solo il medico potrà avere accesso al codice identificativo del paziente. I risultati potrebbero inoltre essere condivisi in forma anonima con altri gruppi di ricerca accreditati ed eventualmente pubblicati in forma anonima.

Contatti per ulteriori informazioni: Per eventuali ulteriori informazioni o chiarimenti è possibile contattare il medico di riferimento del Comitato Scientifico dell’A.B.C. Associazione Bambini Cri du chat dr. Andrea Guala.

Membri del Comitato Scientifico di A.B.C.

Contatti

A.B.C. ASSOCIAZIONE BAMBINI CRI DU CHAT – ONLUS

Sede: Via Machiavelli 56 (c/o Palazzo Comunale),

50026 San Casciano Val di Pesa (Firenze) Italia
Tel./fax: 055 / 82.86.83,

E-mail: abc@criduchat.it

Internet: www.criduchat.it